Razem z Carlem Ludwigiem, Hermannem von Helmholtzem i Emilem du Bois-Reymondem był jednym z najbardziej zdecydowanych obrońców szkoły fizyki organicznej, która chciała uprawiać fizjologię wyłącznie na gruncie nauk ścisłych, dystansując się w stosunku do tak zwanej „fizjologii romantycznej” czy dawniejszych nurtów witalistycznych. W związku z tym często cytuje się wypowiedź Du Bois-Reymonda, który w liście do Eduarda Hallmanna napisał: „Brücke i ja zaprzysięgliśmy udowodnić prawdę, że w organizmie nie działają żadne inne siły, jak tylko fizyczno-chemiczne”Jugendbriefe von Emil Du Bois-Reymond an Eduard Hallmann: Zu seinem hundertsten Geburtstag, dem 7. November 1918. Hrsg. Von Estelle Du Bois-Reymond. Reimer, 1918 s. 108. Brücke był członkiem Wiedeńskiej Grupy Medycyny Klinicznej, w skład której wchodzili również: Karl von Rokitansky, Ferdinand von Hebra i anatom Josef Hyrtl.