Kompleksy NURF i CHRAC Oba wzmiankowane kompleksy białkowe występują u muszki owocowej D. melanogaster i pełnią analogiczną funkcję jak SWI/SNF. NURF jest homologiczny do SWI/SNF natomiast CHRAC nie jest. Warto zaznaczyć, że innym homologiem SWI/SNF u D. melanogaster jest produkt genu ISWI, który jest w 75% homologiczny z ludzkim białkiem hSNF2. Białka ISWI zasadniczo działają jako represory transkrypcji i prowadzą do heterochromatynizacji.

Białka Polycomb Do tej grupy białek zalicza się przede wszystkim kompleksy: Pc, Pcl, Ph, Psc, Su(2)Z, będące represorami gen homeotyczny u Drosophila melanogaster. Białko Pc posiada konserwatywną ewolucyjnie chromodomenę, odpowiedzialną za wiązanie się z heterochromatyną, jednakże wydaje się, że samo białko nie oddziałuje z chromatyną. Białka Polycomb są istotne dla utrzymania wzorców ekspresji genów homeotycznych poprzez bezpośrednie oddziaływanie z nią i zmianę jej stopnia kondensacji. Dołączają się one do sekwencji genów homeotycznych przy udziale sekwencji PRE. Poprzez metylację histonów represja określonych genów jest dziedziczona epigenetycznie wraz z kolejnymi podziałami w ten sposób zmodyfikowanej komórki.