W czasie II wojny światowej całe zbiory muzealne przeniesione zostały przez niemieckiego okupanta do podziemi Akademii Górniczo-Hutniczej, gdzie mieścił się główny urząd Generalnego Gubernatorstwa. Zaginęło wtedy wiele zabytkowych obiektów ukradzionych przez niemieckich funkcjonariuszy administracji GG. Skonfiskowane zabytki jako łup wojenny były przeznaczane na prezenty dla nazistowskich dygnitarzy z Hitlerem, Frankiem i Göringiem na czele.
Zorganizowany rabunek nadzorowali niemieccy historycy sztuki pochodzący z Salzburga Kajetan oraz Józef Muhlmannowie we współpracy z prof. Dagobertem Freyem z Wiednia oraz architektami E. Horstmanem, F. Koettgenem z Hamburga i konserwatorem sztuki dr Wernerem Kudlichem z Wiednia.
Po 1945 Opuszczenie Collegium Maius przez Bibliotekę Jagiellońską w 1940 roku (w związku z wybudowaniem nowego gmachu przy Al. Mickiewicza) umożliwiło przeprowadzenie w latach 1949–1964 z inicjatywy prof. Karola Estreichera kompleksowego odnowienia budynku kolegium połączonego ze zrzuceniem neogotyckiej szaty i przywróceniem oryginalnego wyglądu sprzed 1840 roku.