Po 1989 w wyniku nagłego ograniczenia zatrudnienia w zakładach Krosna i okolicy, powstania wielu placówek handlowych oraz wskutek ciągłego wzrostu liczby osób korzystających z własnych pojazdów, radykalnie zmalało zapotrzebowanie na usługi komunikacji zbiorowej. W tym czasie dotowanie komunikacji musiały przejąć od budżetu centralnego samorządy lokalne. Gminie Krosno nie udało się zawrzeć trwałego porozumienia dotyczącego wspólnego dotowania MKS z gminami przez niego obsługiwanymi. W sytuacji, gdy obowiązek ten spoczął tylko na Gminie Krosno, postanowiła ona zrestrukturyzować zakład.
Uchwałą Rady Miejskiej w Krośnie ZMKS od 1 stycznia 1992 został wyodrębniony ze struktury MPGK i otrzymał status zakładu budżetowego. W budżecie miasta, począwszy od 1992, przeznaczano corocznie dotacje do ZMKS. Zmniejszenie popytu na usługi komunikacyjne oraz bardzo niska dotacja zmusiła zakład do podjęcia radykalnych kroków w celu obniżenia kosztów. Osiągnięto ten cel poprzez ograniczenie liczby obsługiwanych linii oraz obniżenie zatrudnienia. To ostatnie było możliwe dzięki sprywatyzowaniu stanowisk pracy kierowców. Rozpoczęli oni samodzielną działalność gospodarczą przewozu osób w komunikacji miejskiej. Kierowcy w całości realizowali rozkład jazdy, dzierżawiąc autobusy MZK.