Warunki naturalne thumb|Wodospady Kravice Bośnia i Hercegowina jest krajem górzystym – powyżej 200 m n.p.m. znajduje się blisko 90% jej obszaru. Większość terytorium obejmują Góry Dynarskie – młode góry powstałe w orogenezie alpejskiej, zbudowane przeważnie z wapieni, dolomitów, łupków i piaskowców. Liczne pasma górskie, a wśród nich Kozara, Grmeč, Vlašić, Čvrsnica, Prenj, Romanija, Jahorina, Bjelašnica i Treskavica biegną z północnego zachodu w kierunku południowo-wschodnim. Na granicy z Czarnogórą znajduje się najwyższy szczyt Bośni i Hercegowiny – Maglić (2386 m n.p.m.)
Na północno-wschodnim obszarze tego kraju znajduje się niewielka część Kotliny Panońskiej. Blisko połowa terytorium kraju jest zalesiona.
Bośnia i Hercegowina leży w strefie klimatu przejściowego między klimatem kontynentalnym a śródziemnomorskim. W zimie temperatury są bardzo niskie oraz występują częste wiatry, powodujące sztormy. Z kolei lata są upalne, przy czym z reguły na południu kraju występują wyższe temperatury.