W lutym 1941 roku adm. Kimmel otrzymał dowództwo nad całością amerykańskich sił morskich na Pacyfiku (czasowo przyznano mu stopień admirała czterogwiazdkowego). Awansując go, pominięto przy tym 32 starszych stażem lub stopniem wyższych oficerów. Jedną z pierwszych spraw, jakie zaczął załatwiać adm. Kimmel po przybyciu do bazy Floty Pacyfiku, było wzmocnienie obrony portu i otaczającego go terenu. Próby zdecydowanego „uporządkowania” i scentralizowania ośrodków decyzyjnych, odpowiadających za nadzór nad bezpieczeństwem Pearl Harbor, nie były do końca pomyślne. W gestii marynarki pozostawało bezpieczeństwo samego portu i rozpoznanie akwenu leżących dokoła wyspy, jednak ochronę przeciwlotniczą zapewniała już armia, do niej należały zarówno stanowiska radarowe wokół portu, jak i schrony oraz urządzenia przeciwinwazyjne. Brakowało współdziałań w sprawach bezpieczeństwa, nie było też woli współpracy – zarówno od strony armii, jak i podległych Kimmelowi oficerów marynarki. Atak na Pearl Harbor był końcem kariery adm. Kimmela – we wspomnieniach jego współpracowników przytaczana jest scena, podczas której dowódca bazy obserwował nalot japoński z okna swojego biura w bazie okrętów podwodnych.