Na początku 2009 roku Prudnikow został wypożyczony do Tierieku Grozny. 15 marca zadebiutował w jego barwach w wygranym 1:0 domowym meczu ze Spartakiem Nalczyk. W połowie roku wypożyczono go do Sparty Praga, a na początku 2010 roku do Tomu Tomsk. W 2011 roku został piłkarzem Anży Machaczkała. Następnie grał w takich klubach jak: Kubań Krasnodar, Ałanija Władykaukaz i Rubin Kazań. W 2014 został zawodnikiem Dynama Moskwa.
9 lutego 2015 został piłkarzem rosyjskiego Amkar Perm. W 2016 trafił do FK Orenburg.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2007 Spartak Moskwa
Priemjer-Liga 12 2 2008 Spartak Moskwa
Priemjer-Liga 21 2 2009 Terek Grozny
Priemjer-Liga 7 0 2009/10 Sparta Praga
Gambrinus Liga 8 0 2010 Tom Tomsk
Priemjer-Liga 6 0 2011/12 Anży Machaczkała
Priemjer-Liga 19 3 2012/13 Kubań Krasnodar
Priemjer-Liga 2 0 2012/13 Ałanija Władykaukaz
Priemjer-Liga 3 0 2013/14 Rubin Kazań
Priemjer-Liga 17 3 2014/15 Dinamo Moskwa
Priemjer-Liga 6 0 2014/15 Amkar Perm
Priemjer-Liga 13 4 2015/16 Amkar Perm
Priemjer-Liga 29 2 2016/17 FK Orenburg
Priemjer-Liga