Na tym stanowisku zastąpił Patryka Kniata.
17 maja 2018 roku został oficjalnie ogłoszony trenerem pierwszej drużyny Lecha Poznań. 4 listopada tegoż roku po przegranym meczu z Lechią Gdańsk 0:1 został zwolniony ze stanowiska trenera.
1 lipca 2019 roku został trenerem Chrobrego Głogów. 4 maja 2022 podjął decyzję o nieprzedłużaniu kontraktu.
2 czerwca 2022 Ivan Đurđević został trenerem Śląska Wrocław. Zwolniony został 21 kwietnia 2023, po 28. kolejce sezonu 2022/2023, po której Śląsk zajmował miejsce w strefie spadkowej w Ekstraklasie.
1 kwietnia 2025 został trenerem Stali Mielec. 27 września tego samego roku przestał pełnić funkcję trenera tego klubu.
Statystyki kariery Klub Sezon Liga LigaMeczeBramki FK Rad1996/97 Prva liga9 01997/9813 2 Ogólnie 22 2 Ourense1997/98 Segunda División B13 31998/9918 11999/0035 2 Ogólnie 66 6 SC Farense2000/01 Primeira Liga29 52001/0225 4 Ogólnie 54 9 Vitória SC2002/03 Primeira Liga31 22003/0425 22004/0527 2 Ogólnie 83 6 CF Os Belenenses2005/06 Primeira Liga15 02006/074 Ogólnie 19 0 Lech Poznań2007/08 I liga22 02008/09 Ekstraklasa18 12009/1021 12010/1118 12011/1215 02012/1311 1 Ogólnie 105 4 Ogólnie w karierze 349 27