Drugą możliwością zmniejszenia ryzyka związanego z biotransformacją jest wprowadzenie do lecznictwa tzw. miękkich leków (ang. soft drugs), tj. związków czynnych, które są czynnymi metabolitami fazy I (np. oksazepam, metabolit wielu benzodiazepin) albo ulegają nieoksydatywnej biotransformacji w pożądanym miejscu, tzw. przewidzianym miejscu rozpadu. Tak więc można np. syntetyzować leki, które ulegają hydrolitycznemu rozkładowi do substancji nieczynnych, niepodlegających dalej oksydatywnym procesom metabolicznym.
Prolek jest to nieczynny prekursor leku, który w organizmie przechodzi w postać czynną w wyniku reakcji biotransformacji. Tego typu substancje stosuje się w celu:
ułatwienia wchłaniania, np. enalapryl w organizmie przechodzi w enalaprylat; zmniejszenia działania drażniącego na błonę śluzową przewodu pokarmowego, np. bursztynian erytromycyny w organizmie przechodzi w erytomycynę; ułatwienia przejścia przez barierę krew-mózg, np. lewodopa przechodzi w organizmie w dopaminę.