Jak wynika ze źródeł babilońskich, ok. 2300 p.n.e. Eblę zdobył akadyjski władca Sargon Wielki, a następnie ok. 2250 p.n.e. miasto ponownie zostało zdobyte i spalone przez króla Naram-Sina, który w ten sposób położył kres pierwszemu semickiemu państwu syryjskiemu. Na początku II tysiąclecia p.n.e. zostało odbudowane wraz z pałacem królewskim i otoczone potężnym murem. W drugiej połowie XVII w. p.n.e. zniszczone przez Hetytów (za Hatusilisa lub Mursilisa). Ponownie odbudowane i ufortyfikowane. W 720 p.n.e. podbite przez Sargona II, króla Asyrii. W VI wieku p.n.e. znalazło się w granicach państwa nowobabilońskiego.
Badania i znaleziska thumb|250px|Pozostałości pałacu królewskiego Od 1964 prace wykopaliskowe na wzgórzu o powierzchni ok. 56 ha prowadził zespół archeologów włoskich pod kierunkiem prof. Paolo Matthie, odkrywając szereg budowli ze środkowej epoki brązu (2000–1600 p.n.e.) – m.in. poświęcony bogini Isztar posąg miejscowego władcy Ibbit-Lima (1968) z inskrypcją umożliwiającą identyfikację miasta.
W trzeciej warstwie (datowanej na pierwsze wieki II tysiąclecia p.n.e.), odpowiadającej miastu zniszczonemu przez Hetytów, stwierdzono, że Ebla było obwiedzione kamiennym, typowym dla epoki pochyłym murem z równie charakterystycznymi potrójnymi bramami.