Jednakże Sąd Okręgowy w Gdańsku nie uwzględnił w całości żądań powodów, którzy domagali się przywrócenia wystawie całkowicie pierwotnego kształtu, gdyż 16 innych ingerencji nowej dyrekcji muzeum w treść ekspozycji nie było dostrzegalnych dla przeciętnego widza.
14 marca 2024 został powołany na stanowisko p.o. dyrektora Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku, stanowisko objął 2 kwietnia tego samego roku. Od 1 kwietnia 2025 jest dyrektorem tej placówki. Został też powołany w skład Rady do spraw Muzeów i Miejsc Pamięci Narodowej na kadencję 2024–2027.
Rafał Wnuk znany jest również ze swoich badań nad historią Narodowych Sił Zbrojnych, a zwłaszcza Brygady Świętokrzyskiej, która była kontrowersyjną formacją zbrojną działającą w czasie II wojny światowej. Jego prace i wystąpienia wskazują na negatywne aspekty działalności Brygady, w tym kolaborację z Niemcami, wyznawanie ideologii faszystowskiej i brutalne działania wobec członków innych organizacji niekomunistycznych. Wnioski z badań Wnuka wpłynęły na debatę na temat Brygady Świętokrzyskiej i jej miejsca w historii polskiego ruchu oporu.
Życie prywatne Jego rodzina pochodzi ze wsi Wysokie pod Zamościem. Jest wnukiem Bolesława Wnuka, posła na Sejm II Rzeczypospolitej.