był także pracownikiem naukowym w Pracowni Ziem Wschodnich II RP Instytutu Studiów Politycznych PAN (1996–2008). Od 2008 wykładowca w Instytucie Historii Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego Jana Pawła II. W latach 2002–2010 pełnił funkcję redaktora półrocznika historycznego Instytutu Pamięci Narodowej pt. „Pamięć i Sprawiedliwość”. Uzyskał habilitację w 2008 r. w Instytucie Studiów Politycznych Polskiej Akademii Nauk na podstawie pracy „Za pierwszego Sowieta”. Polska konspiracja na Kresach Wschodnich II Rzeczypospolitej (wrzesień 1939 – czerwiec 1941). 23 września 2017 r., decyzją prezydenta RP Andrzeja Dudy, został profesorem nauk humanistycznych. Niezależnie od tego, szereg wątpliwości wobec postępowania profesorskiego zgłosiła Joanna Gruba.
Jest autorem i współautorem licznych publikacji naukowych dotyczących historii II wojny światowej, polskiego podziemia niepodległościowego oraz polityki pamięci. Jest także pomysłodawcą i redaktorem naczelnym Atlasu polskiego podziemia niepodległościowego 1944–1956. Specjalność: polska konspiracja na Kresach Wschodnich w latach 1939–1941, wywiad Polskich Sił Zbrojnych oraz Armii Krajowej w okresie II wojny światowej, stosunki polsko-ukraińskie w latach 1939–1947.