Latem 2003 przeszedł do rosyjskiego Zenitu Petersburg, do którego ściągnął go Vlastimil Petržela, jego trener w drużynie Bohemiansu. W Zenicie, Čontofalský stał się jednak rezerwowym golkiperem i przegrał rywalizację z Wiaczesławem Małafiejewem. W pierwszym sezonie gry został z nim wicemistrzem Rosji oraz wywalczył Puchar Premier Ligi. W 2004 roku zakończył sezon na 4. pozycji w lidze. W 2005 roku Kamil grywał nieco więcej (19 meczów i 6. miejsce Zenitu), a w 2006 i 2007 roku był podstawowym golkiperem w jedenastce klubu z Petersburga i wspomógł go w walce o 4. i 1. miejsce w rozgrywkach ligowych.
Po mało udanym dla słowackiego golkipera sezonie 2009, Zenit rozwiązał z nim umowę. W 2010 roku trafił do AEL Limassol.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1997/98 1. FC Košice Corgoň Liga 0 0 1998/99 1. FC Košice Corgoň Liga 4 0 1999/00 1. FC Košice Corgoň Liga 9 0 1999/00 Bohemians Praga 1. Gambrinus liga 14 0 2000/01 Bohemians Praga 1. Gambrinus liga 23 0 2001/02 Bohemians Praga 1. Gambrinus liga 30 0 2002/03 Bohemians Praga 1.