Po wojnie pracował także w Ubezpieczalni Społecznej.
Praca naukowa i działalność chirurgiczna Główne zainteresowania profesora to urologia, chirurgia jamy brzusznej i torakochirurgia: w 1899 opracował metodę operacji wytwórczej pęcherza moczowego za pomocą fragmentu jelita krętego biodrowego w 1913 przeprowadził i opisał oryginalną operację polegającą na uzupełnieniu ubytku cewki moczowej przeszczepem wyrostka robaczkowego w 1913 jako pierwszy w Polsce usunął w całości pęcherz moczowy z powodu nowotworu złośliwego w 1923 opracował i przeprowadził operację plastyki przełyku w pooparzeniowym zwężeniu tego narządu (utworzył sztuczny przełyk przez uformowanie od strony odźwiernika z krzywizny większej żołądka uszypułowanej „rury”, którą przeprowadził pod skórą klatki piersiowej) w 1930 w zakresie torakochirurgii opisał i wykonał operacyjną metodę leczenia gruźlicy płuc za pomocą trzyetapowej torakoplastyki.
Życie prywatne Maksymilian Rutkowski był żonaty z Adą Marią z Sarnów primo voto Markową (od 1934 roku). Dzieci nie miał. W latach 1930–1932 zamieszkał początkowo sam, później z żoną w dworku w Bronowicach Wielkich na ul. Radzikowskiego 176. Dworek zaprojektował w 1926 roku przyjaciel profesora, architekt, profesor Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie Józef Gałęzowski.