Stworzył również specjalne oddziały wojskowe zwane czeua, podległe jedynie cesarzowi i przez niego utrzymywane (tradycyjnie w Etiopii niemal do XX wieku obowiązek utrzymanie wojska spoczywał na władcach prowincji).
Działalność religijna Zara Jaykob uważał, że Kościół powinien wspierać jego dążenia do unifikacji i centralizacji kraju. Kościołem Etiopskim wstrząsały w owym czasie gwałtowne spory obchodzenie szabatu: część duchownych domagała się święcenia szabatu w sobotę, inni zaś obstawali przy świętowaniu niedzieli. Cesarzowi udało się pogodzić zwaśnione odłamy – ustalił on, iż obchodzone będą oba dni, na co zwaśnione strony przystały, przekonane również licznymi nadaniami.
Cesarz umocnił w Kościele Etiopskim Kult Maryi, wprowadził też wiele innych zmian w liturgii, a nawet w sferze dogmatycznej.
Zarze Jaykobowi przypisuje się autorstwo dwóch traktatów teologicznych: Maṣḥafa milād (Księga narodzin) oraz Maṣḥafa bərhān (Księga światła). Ich celem było stworzenie autorytatywnej interpretacji dogmatów teologicznych.
Zwalczał on brutalnie drobniejsze sekty chrześcijańskie, prześladował także muzułmanów i pogan.