Przeniesiony do Bydgoszczy na stanowisko szefa tamtejszego WUBP (1948–1950), następnie w Lublinie (1950–1953).

W 1953 roku został przeniesiony do centrali Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego w Warszawie, gdzie objął stanowisko zastępcy dyrektora Departamentu III MBP. Po likwidacji MBP i utworzeniu Komitetu ds. Bezpieczeństwa Publicznego w 1954 roku, został kierownikiem Urzędu ds. Bezpieczeństwa Publicznego miasta stołecznego Warszawy, na tym stanowisku pozostał do 1957 roku, kiedy to po kolejnej reorganizacji organów bezpieczeństwa został przeniesiony do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, gdzie przez następne trzy lata pozostawał w dyspozycji Departamentu Kadr i Szkolenia MSW, studiując w Akademii Sztabu Generalnego w Warszawie (1957–1960). Po jej ukończeniu był zastępcą szefa Zarządu Politycznego Wojsk Ochrony Pogranicza (1960–1961), wicedyrektorem Departamentu I MSW, wywiadu (1961–1965), dyr. Departamentu II, kontrwywiadu (1965). W tym czasie M. Krupski przez podwładnych był nazywany „Świętym”, gdyż był fanatycznym, ortodoksyjnym marksistąJerzy Bronisławski: ...i kontrwywiad (wspomnienia oficera operacyjnego). Oficyna Wydawnicza „Spar” Warszawa 1997, s. 385 .. Na koniec swojej kariery zawodowej Krupski pełnił funkcję kier.