Model ten jest kwestionowany przez niektórych autorów, według których separacja przełyku i tchawicy zachodzi wskutek zapadnięcia się światła jelita przedniego w płaszczyźnie czołowej, fuzji ścian bocznych i apoptozie powstałej przegrody; hipotezę tę potwierdza stwierdzenie ciałek apoptotycznych w miejscu separacji przełyku i tchawicy.
Etiologia Dane z ciąż bliźniaczych i rzadkość rodzinnego występowania sugerują niewielkie znaczenie czynników genetycznych w patogenezie malformacji przełyku. W grupie pacjentów z atrezją przełyku stanowiącą element zespołu wad wrodzonych znajdują się chorzy z aberracjami chromosomalnymi, rzadkimi zespołami wad wrodzonych o dziedziczeniu jednogenowym, asocjacja VACTERL i szereg zespołów o nakładających się fenotypach.
OA/TEF w zespołach aberracji chromosomalnych W około 10% przypadkach OA/TEF stwierdza się trisomię albo niezrównoważoną translokację chromosomów.