członek Synodu Kościoła.

Biskup 4 listopada 2000 roku Synod Kościoła wybrał księdza Janusza Jaguckiego na zwierzchnika Kościoła. Zgodnie z prawem kościelnym jego kadencja miała trwać 10 lat. 6 stycznia 2001 r. w Warszawie został konsekrowany na biskupa Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w Polsce; zastąpił na tym urzędzie ks. biskupa Jana Szarka.

Kwestia współpracy ze Służbą Bezpieczeństwa i odwołanie 2 marca 2007 r. została powołana Komisja Historyczna Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP, której celem jest zbadanie zasobów archiwalnych Instytutu Pamięci Narodowej oraz archiwów wewnątrzkościelnych, dotyczących inwigilacji Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego przez organa bezpieczeństwa państwa w okresie od 22 lipca 1944 do 31 lipca 1990. Z urzędu był przewodniczącym kolegium tej Komisji do czasu, gdy okazało się, że w archiwach IPN znajdują się dokumenty na jego temat. Zastąpił go biskup Mieczysław Cieślar.