W czerwcu 2001 roku było to odpowiednio 850 m³/s i 475 m³/s.
Zbiornik Czorsztyński poprawia również warunki spływu przełomem pienińskim, podwyższając przepływy minimalne typowe dla okresów posusznych. Popularność zyskuje także jako atrakcyjne miejsce nadwodnego wypoczynku z możliwością kąpieli, żeglowania, wędkowania i nurkowania.
Ważną funkcją Zbiornika Czorsztyńskiego jest produkcja energii elektrycznej przez elektrownię szczytowo-pompową o mocy maksymalnej 90,5 MW (niewielką hydroelektrownię posiada również zbiornik wyrównawczy). Produkuje ona w ciągu roku około 140 GWh, druga – niecałe 8 GWh energii. Blisko połowa tej energii jest pozyskiwana z tzw. pompowań, czyli powtórnego wykorzystania wody przepompowanej ze zbiornika wyrównawczego do głównego.
Stosunkowo duży zbiornik wodny oddziałuje na lokalny mikroklimat. Szacowano, że wpłynie na wzrost temperatury w promieniu do 5 km średnio o . Zakładano, że zmniejszą się dobowe wahania temperatury, oraz że skróceniu o kilkanaście dni ulegnie okres z ujemnymi temperaturami powietrza. Istniały obawy, że w dłuższym horyzoncie czasowym może to zagrozić np. niektórym unikatowym gatunkom roślin w Pieninach. Z biegiem lat czasza zbiornika będzie intensywnie zamulana i zasypywana materiałem niesionym przez Dunajec.