Przed rozpoczęciem sezonu 2004 Ignaszewicz zasilił szeregi rywala zza miedzy, CSKA Moskwa. W nim stworzył blok obronny z braćmi-bliźniakami Aleksiejem i Wasilijem Bieriezuckimi, a także Litwinem Deividasem Šemberasem. W tamtym roku sięgnął ze stołecznym klubem po wicemistrzostwo Rosji. Pierwszym sukcesem Siergieja w 2005 roku było zdobycie Pucharu UEFA – Ignaszewicz wystąpił w wygranym 3:1 finale ze Sportingiem. W tym samym roku wywalczył inne sukcesy: mistrzostwo Rosji oraz Puchar Rosji. W 2006 roku kolejnym osiągnięciem Siergieja był drugi z rzędu dublet: mistrzostwo plus krajowy puchar. Był długoletnim kapitanem drużyny CSKA. W 2008 roku został z kolei wicemistrzem kraju, a także zdobywcą krajowego pucharu.
W maju 2018 zakończył klubową karierę.