CSKA Na początku 2004 roku Żyrkow podpisał kontrakt z CSKA Moskwa, ówczesnym mistrzem kraju. Łatwo wywalczył sobie miejsce w wyjściowej jedenastce na lewym skrzydle CSKA. W tamtym roku sięgnął ze stołecznym klubem po wicemistrzostwo Rosji. Pierwszym sukcesem Żyrkowa w 2005 roku było zdobycie Pucharu UEFA. Jurij wystąpił w wygranym 3:1 finale ze Sportingiem, a w 65. minucie zdobył gola na 2:1 dla rosyjskiego zespołu. W tym samym roku wywalczył inne sukcesy: mistrzostwo Rosji oraz Puchar Rosji. W 2006 roku kolejnym osiągnięciem Żyrkowa był drugi z rzędu dublet: mistrzostwo plus krajowy puchar.
Chelsea 6 lipca 2009 roku piłkarz podpisał kontrakt z Chelsea, za około 21 mln euro. W swoim debiucie podczas wygranego 2:1 meczu towarzyskiego z AC Milan zdobył bramkę. W meczu między Chelsea F.C. a Spartakiem Moskwa w ramach Ligi Mistrzów w sezonie 2009/2010 strzelił swoją debiutancką bramkę w oficjalnych rozgrywkach.
Anży W sierpniu 2011 roku przeszedł za około £13,2 milionów do Anży Machaczkała. Żyrkow podpisał z nowym klubem czteroletni kontrakt. Swój debiut zaliczył, wchodząc z ławki za Samuela Eto’o w meczu z FK Rostów.