Na przełomie lat 80. i 90. XX wieku MPK miało największą flotę autobusów w historii – posiadało ponad 90 pojazdów, z których rocznie korzystało około 20 milionów pasażerów.
Rozpoczęcie działalności jako MZK Konin Wraz ze zmianą ustroju zmieniono także formę organizacyjną przedsiębiorstwa obsługującego koniński transport miejski. 1 lutego 1991 roku Miejskie Przedsiębiorstwo Komunikacji przeobraziło się w Miejski Zakład Komunikacji oraz zmieniło status z przedsiębiorstwa państwowego na zakład budżetowy, który istniał do 28 czerwca 2018 roku. Obecnie przedsiębiorstwo jest spółką prawa handlowego
W połowie lat 80. ubiegłego stulecia rozpoczęto plan modernizacji taboru. Część wysłużonych Jelczy PR110 i Autosanów H9-21 zastąpiły fabrycznie nowe, ale przestarzałe technologicznie autobusy Ikarus 260.04 z ówczesnego MZK Warszawa, równolegle z autobusami Jelcz L11 i Jelcz M11. Z kolei w latach 90. zakupiono nowszą wersję autobusów Ikarus 260.73A, równolegle z autobusami Scania CR111M oraz autobusami MAN SL200. W latach 1996–1997 MZK zakupiło 10 znacznie nowocześniejszych Scanii CN113CLL. Autobusy szwedzkiego producenta były pierwszymi pojazdami przystosowanymi do przewozu osób niepełnosprawnych ruchowo. Kolejnym zakupem były autobusy MAN NL222 dostarczone w dwóch turach w latach 1998–1999.