Stephani in Coelio Monte został po raz pierwszy wymieniony na rzymskim synodzie w 499 roku.
Pierwotnie plan kościoła opierał się na czterech współśrodkowych kołach, na które nałożono krzyż grecki.
W VI wieku został upiększony przez papieży Jana I i Feliksa IV. W roku 1130 papież Innocenty II dodał dodatkowe łuki wewnątrz kościoła. W roku 1454 przeprowadzono renowację na polecenie papieża Mikołaja V, w trakcie której zostało zamurowanych 14 z 22 okien kościoła. Wtedy też kościół został przekazany paulinom, jedynemu zakonowi węgierskiemu w Rzymie. Z tego względu kościół też uznawany jest za nieoficjalny kościół węgierski w Rzymie. W 1579 kościół został przejęty przez węgierskich jezuitów.
Architektura i sztuka Loggia wejściowa składa się z arkady o pięciu łukach oddzielonych starożytnymi kolumnami z szarego granitu z impostami, ale bez kapiteli.
Centralny ołtarz został zainstalowany przez florenckiego artystę Bernardo Rossellino w 1455 roku. Znajduje się on na podwyższeniu otoczonym przez niską ośmiokątną kamienną przegrodę autorstwa Niccolò Circignani z roku 1580. Przegroda ta ma dwa przeciwległe wejścia.