Jan miał poparcie wpływowego Zygmunta Korybutowicza. Kiedy tego protektora wygnano z Czech w 1427, również Jan z Příbrami został zmuszony do opuszczenia Pragi. Zamieszkał wówczas w Žatcu, a do Pragi powrócił w 1429, pozornie skłaniając się ku wierze katolickiej.
W 1437 stanął na czele czeskiej delegacji do Bazylei, gdzie bronił doktryny utrakwistów. W 1439 został wybrany wraz z Andrzejem Prokopem na czeskiego Zarządcę Wiary. W 1448 r. zastąpił go Jan Rokycana. Jan z Příbrami bezskutecznie starał się uzyskać od legata papieskiego nominację na arcybiskupa Rokycany.
Dzieła Contra artikolos Picardorum – (Przeciwko 76 artykułom wiary pikardów) De ritibus missae (O rytuale Mszy świętej) – traktat, broniący tradycyjnej mszy, przeciwko reformom taborytów De professione fidei et errorum revocatione (O wyznaniu wiary i odwołaniu błędów) Knihy o zarmoucení velkých církve svaté i každě duše věrné (Księgi o zasmuceniu wielkich świętych Kościoła i każdej duszy wiernej) – 1429 Život kněží Táborských (Życie księży-taborytów) – krytyka taborytów Apologie Postilla Malý traktát o válce (Mały traktat o wojnie) O podmínkách spravedlivé války (O warunkach sprawiedliwej wojny) Proti pikartským článkům (Przeciwko pikardom)