Malignaggi przystąpił do walki z wymyślną fryzurą, która jednak mu podczas walki przeszkadzała mu na tyle, że trener w przerwie między ósmą i dziewiątą rundą obciął mu włosy.
We wrześniu 2008 zrezygnował z tytułu mistrza świata IBF, ponieważ wybrał bardziej lukratywną walkę z Rickym Hattonem, zamiast pojedynku rewanżowego z oficjalnym pretendentem do tytułu, Hermanem Ngoudjo. Do walki z Hattonem doszło 11 listopada 2008 roku. Anglik przez cały pojedynek miał znaczną przewagę, a w jedenastej rundzie trener Malignaggiego, Buddy McGirt poddał go rzucając ręcznik na ring.
Malignaggi powrócił na ring w kwietniu 2009 roku, pokonując na punkty Christophera Fernandeza. Jednak w następnej walce, 22 sierpnia 2009 roku, przegrał na punkty z Juanem Díazem. Malignaggi już w pierwszej rundzie w wyniku prawidłowego uderzenia doznał rozcięcia skóry nad lewym okiem. Takiej samej kontuzji doznał w drugiej rundzie Díaz. W rundzie piątej Díaz w wyniku przypadkowego zderzenia głowami doznał drugiego rozcięcia nad tym samym okiem, jednak to on wygrał walkę w stosunku 116-112, 115-113 i 118-110. Werdykt sędziów został przez niektórych komentatorów uznany za kontrowersyjny. 12 grudnia tego samego roku doszło do walki rewanżowej obu pięściarzy. Tym razem lepszy okazał się Malignaggi, wygrywając pojedynek jednogłośnie na punkty.