W Fenerbahçe Johnson spędził także sezon 2002/2003, ale nie był on udany dla piłkarzy zwanych „Sarı Kanaryalar”, którzy zakończyli rozgrywki na 6. pozycji.
Latem 2003 Johnson wrócił do Gaziantepsporu, po raz kolejny w tym samym klubie spotykając swojego przyjaciela Preko. Poprowadzili oni ten klub do wysokiego 4. miejsca w lidze, ale po sezonie ich drogi rozeszły się – Johnson przeszedł do Kayserisporu, podczas gdy Yaw wyjechał do szwedzkiego Halmstads BK. W Kayserisporze Samuel grał do 2006, kiedy to postanowił zakończyć karierę. W barwach tego klubu był podstawowym zawodnikiem a największym sukcesem było zajęcie 5. miejsca w sezonach 2005/2006 i 2006/2007.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1991/92 Hearts of Oak Ghana Premier League ? ? 1992/93 ? ? 1993/94 ? ? 1994/95 ? ? 1995/96 PAE Kalamata Alpha Ethniki 20 6 1996/97 RSC Anderlecht Eerste klasse 23 2 1997/98 14 0 1998/99 Gaziantepspor Süper Lig 33 2 1999/00 Fenerbahçe SK 23 4 2000/01 21 5 2001/02 29 5 2002/03 30 4 2003/04 Gaziantepspor 30 3 2004/05 Kayserispor 30 6 2005/06 30 2 2006/07 18 0 Łącznie w Alpha Ethniki 20 6 Łącznie w Eerste klasse 37 2 Łącznie w Süper Lig 246 29