Podgatunki Wyróżnia się 6 podgatunków E. minor: E. minor novaehollandiae (Stephens, 1826) – południowa Australia i Tasmania, E. minor iredalei Mathews, 1911 – północna część Wyspy Północnej (Nowa Zelandia), E. minor variabilis Kinsky & Falla, 1976 – południowa część Wyspy Północnej, wyspy i wybrzeża Cieśniny Cooka oraz północna część Wyspy Południowej, pingwin mały (E. minor minor) (J.R. Forster, 1781) – podgatunek nominatywny; zachodnia i południowa część Wyspy Południowej oraz Wyspa Stewart (Nowa Zelandia), pingwin białoskrzydły (E. minor albosignata) Finsch, 1874 – wschodnie wybrzeże Wyspy Południowej; niektórzy autorzy wyodrębniają go w osobny gatunek, E. minor chathamensis Kinsky & Falla, 1976 – Wyspy Chatham (Nowa Zelandia). Ptaki tego gatunku regularnie pojawiają się na pacyficznym wybrzeżu Patagonii, gdzie być może również znajduje się nieodkryta jeszcze kolonia lęgowa. W kwietniu 2005 jeden osobnik pojawił się na wysepce Ichaboe u wybrzeży Namibii.
Status Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody (IUCN) uznaje pingwina małego za gatunek najmniejszej troski (LC – Least Concern).