Pierwsze zagraniczne połączenia uruchomiono w 1993 z Frankfurtem nad Menem, następnie z Düsseldorfem, a w 1998 z Wiedniem i Kopenhagą.
6 grudnia 2005 nadano portowi imię Mikołaja Kopernika, który w latach 1503–1538 był scholastykiem wrocławskiej Kolegiaty Świętego Krzyża i św. Bartłomieja.
W 2007 po raz pierwszy, jako piąty polski port lotniczy po lotniskach w Warszawie, Krakowie, Katowicach i Gdańsku przekroczył próg obsługi pasażerów rocznie, obsługując , a w 2014 jako piąty polski port lotniczy przekroczył próg obsługi pasażerów rocznie.
12 marca 2010 bazę operacyjną uruchomiła linia lotnicza Wizz AirWrocławska baza Wizzair otwarta (ZDJĘCIA)..
28 marca 2012 na lotnisku powstała pierwsza w Polsce i 47. europejska baza operacyjna linii lotniczych Ryanair.
Od 2014 do marca 2015 na lotnisku we Wrocławiu istniała baza linii EuroLot.
W maju 2014 na terenie lotniska uruchomiono bazę HEMS (Helicopter Emergency Medical Service) dla LPR.
W maju 2015 Ryanair podjął decyzję o budowie na wrocławskim lotnisku bazy technicznej i zarejestrowaniu spółki „Wroclaw Aircraft Maintenance Services” (WAMS). 28 kwietnia 2016 zwężono drogę startową z 58 do , jednocześnie uruchamiając system ILS kategorii II na kierunku 29.