Ułożone są na pędzie naprzemianlegle lub w okółkach po 3–4, rzadko skrętolegle (Taxodium). Organy generatywne Pyłek pozbawiony worków powietrznych powstaje w mikrosporangiach występujących w liczbie od 2 do 10 na odosiowej stronie mikrosporofili. Mikrosporofile zebrane są w drobne szyszkowate strobile na końcach pędów. Makrosporofile (łuski nasienne) zawierają po stronie doosiowej po kilka (2–20) nagich zalążków. Łuski wyrastają naprzeciwlegle lub po 3 w okółkach, nie zachodzą na siebie i zebrane są w zwykle kuliste lub jajowate, drewniejące szyszki, ewentualnie w zmięśniałe szyszkojagody.
Systematyka i pochodzenie thumb|250px|Relacje filogenetyczne w obrębie rodziny Rodzina obejmuje we współczesnych klasyfikacjach systematycznych dawniej wyodrębniane cypryśnikowate (Taxodiaceae) z 9 rodzajami. Rodzina ta w wyniku analiz filogenetycznych, opartych głównie na badaniach molekularnych, okazała się grupą parafiletyczną, w obrębie której zagnieżdżone były cyprysowate.