Podjęto też próbę zdyskredytowania ubiegającego się o reelekcję prezydenta przez pokazanie w spotach wyborczych kompromitujących materiałów filmowych pokazujących zdarzenie z 1997, z lotniska w Ostrzeszowie, kiedy to szef BBN Marek Siwiec po wyjściu z helikoptera ucałował ziemię na polecenie Aleksandra Kwaśniewskiego, co wiele osób odebrało jako parodię gestu papieża Jana Pawła II. W wyborach, które odbyły się 8 października 2000, Marian Krzaklewski zdobył 15,57% głosów wyborców (2 739 621 głosów), zajmując trzecie miejsce za Aleksandrem Kwaśniewskim i Andrzejem Olechowskim.
Po przegranych wyborach prezydenckich zaczął wycofywać się z życia politycznego i z zajmowanych stanowisk na rzecz innych polityków AWS, w szczególności Jerzego Buzka, który objął kierownictwo w Ruchu Społecznym AWS i samej koalicji. Jednocześnie Akcję Wyborczą Solidarność opuściło SKL, a także kolejni politycy, którzy przechodzili do nowo powstających ugrupowań – PiS, PO i LPR.