Architektoniczny, bogato złocony ołtarz główny w centralnej części dolnej kondygnacji, zawiera obraz Widzenie św. Antoniego, po bokach którego znajdują się rzeźby przedstawiające św. Augustyna i św. Franciszka z Asyżu.
W Kaplicy Najświętszej Marii Panny znajduje się obraz Matki Bożej w Cudy Wielmożnej Pani Poznania, będący kopią obrazu z kościoła na Zdzieżu koło Borku Wielkopolskiego, wykonaną w 1666 przez malarczyka Marcina ze Śródki, a zakupioną przez brata Tomasza Dybowskiego, zwanego "Bożą Duszą". W dwa lata później, w 1668, obraz zasłynął jako cudowny. Niewielki obraz znajduje się w pokrytej srebrnymi plakietami ramie. Ołtarz wieńczy Archanioł Michał w towarzystwie aniołów. Wystroju kaplicy dopełniają bogate ornamenty stiukowe, w tym plastyczne przedstawienie Jezusa i apostołów, a także freski, również wykonane przez braci Swachów.
Po przeciwnej stronie znajduje się kaplica św. Franciszka, w której najcenniejsze są obrazy przedstawiające św. Franciszka i św. Szczepana oraz figury św. Augustyna i św. Jana Ewangelisty. Również ta kaplica ma bogatą polichromię.