Zgodnie z dawną tradycją okna są tylko po stronie południowej, zaś drzwi wejściowe od południa i zachodu.

Wnętrze nakryte jest stropami z zaskrzynieniami w nawie. Na stropach znajduje się polichromia patronowa: w nawie z końca XV wieku, w prezbiterium z XVI wieku. Na zaskrzynieniach znajdują się deski z dekoracją o motywach kasetownowych, wykonaną prawdopodobnie w XVII wieku. Malowidła w prezbiterium pochodzą z 1689 roku (data wymalowana w północno-wschodnim narożu). Na zamknięciu przedstawiono Ukrzyżowanie na tle draperii podtrzymywanej przez aniołów, na ścianie północnej Sąd Ostateczny, na południowej Ostatnią Wieczerzę i wizerunek Najświętszej Marii Panny adorowanej przez św. Szymona z Lipnicy. W nawie, na ścianie północnej, znajduje się polichromia z 1711 roku (data na belce tęczowej). Dekoracja chóru muzycznego składają się charakteryzujące się ludową ekspresją malowidła przedstawiające Dekalog. W kościele znajdowały się dawniej trzy zabytkowe tryptyki. Zostały skradzione w nocy z 4 na 5 lipca 1992 roku, a następnie odzyskane. Zdecydowano się jednak umieścić je w Muzeum Diecezjalnym w TarnowieKogut Szczepan, Lipnica Murowana, Tarnów 1998, s. 10.. Dziś w Lipnicy można podziwiać ich kopie. Na wyposażenie świątyni składają się: kopia tryptyku św. Leonarda, pochodzącego z ok.