W początkach października 1939 roku generał Władysław Sikorski polecił generałowi Norwid-Neugebauerowi, by spotkał się z ministrem skarbu, pułkownikiem Adamem Kocem i przedstawił mu projekt wykorzystania marynarki handlowej. Wódz Naczelny „nie wykluczał użycia niektórych statków jako pomocniczych krążowników” (chodziło o „Piłsudskiego” i „Sobieskiego”).
Statek zatonął 26 listopada 1939 o godzinie 5.36 w drodze z Newcastle, 29 mil morskich na południowy wschód od przylądka Flamborough, na pozycji , rozpoczynając swój pierwszy wojenny rejs do Australii. Do dzisiaj przyczyna jego zatonięcia nie została wyjaśniona. Rozważane są trzy hipotezy: wejście na miny (prawdopodobnie), storpedowanie przez niemiecki okręt podwodny (brak potwierdzenia w niemieckich źródłach) lub sabotaż. Zmarł wtedy w wyniku wycieńczenia i hipotermii jego kapitan Mamert Stankiewicz. Oprócz niego zginął IV mechanik Tadeusz Piotrowski, który wypadł za burtę podczas ewakuacji. Starszy oficer, Karol Olgierd Borchardt, później znany pisarz, został poważnie ranny w głowę podczas ewakuacji i z trudem odratowany. Resztę załogi uratowano.