W dniu 16 czerwca 1995 roku Biskup Polowy Wojska Polskiego dokonał uroczystego poświęcenia kaplicy.
Na wniosek Proboszcza, Rady Parafialnej oraz Dowództwa 8 BDOW Biskup Polowy dekretem z dnia 8 grudnia 1994 roku zmienił wezwanie świątyni i ustanowił patronem parafii św. Marcina.
W roku 1999 proboszczem parafii został mianowany ks. kpt. Marek Reimer. W lutym 2002 roku obowiązki proboszcza objął ks. mjr Lucjan Dolny. Od czerwca 2002 roku proboszczem parafii został mianowany ks. mjr Stanisław Błądek, który pełnił tę funkcję do kwietnia 2010 roku. W kwietniu 2010 ponownie proboszczem został ks. mjr Marek Reimer, który urząd ten pełnił do 24 czerwca 2012 roku. W latach 2012–2017 proboszczem był ks. kmdr por. Andrzej Stawarz,następnie ks. ppłk. dr Mariusz Śliwiński (2017-2019), a obecnie ks. kpt Dariusz Kamiński.
We wrześniu 2003 rozpoczęto remont pomieszczenia górnego celem przeznaczenia go na kaplicę. Projekt Architektoniczno-Budowlany Przebudowy Elewacji wykonała p. mgr inż arch. Irena Romysz-Skowyrska. Ekipę budowlaną zorganizował dyrektor "Czaplówki" dr Zygmunt Czapla, spośród dyplomantów Prywatnego Technikum Budowlanego, z udziałem uczniów ZS Nr 7. Remont ukończono na wiosnę 2004 r. Pierwszą Mszę św. w górnej kaplicy odprawił ks. Henryk Romanik 11 kwietnia 2004 na Wielkanoc.