Piętnowany przez hierarchów Kościoła rzymskokatolickiego za wyznawanie kalwinizmu, skupił się na działalności gospodarczej. Inwestował w wykorzystanie zachodniej części Zagajnicy. Zakładał kuźnice żelaza i zajmował się rozwijaniem bartnictwa. Działalność gospodarcza Niszczyckiego doprowadziła jednak do konfliktu z poddanymi. W 1580 uzyskał dożywocie na starostwo ciechanowskieKrzysztof Chłapowski, Starostowie niegrodowi w Koronie 1565–1795 Materiały źródłowe, Warszawa, Bellerive-sur-Allier 2017, s. 351..
Był posłem z województwa płockiego na konwokację 1587. W czasie elekcji 1587 głosował najpierw na Piastatak nazywano bliżej nieokreślonego kandydata krajowego, potem na Zygmunta WazęAnna Pieńkowska, Zjazdy i sejmy z okresu bezkrólewia po śmierci Stefana Batorego, Pułtusk 2010, s. 365.. W sierpniu 1587 był w gronie witających szwedzkiego królewicza na Pomorzu. Podpisał pacta conventa Zygmunta III Wazy w 1587. Jesienią 1587 zabezpieczał przejazd elekta do Krakowa. W nagrodę w 1589 otrzymał dożywocie na starostwo przasnyskie wraz z żoną Katarzyną Kucińską i zgodę na przekazanie starostwa ciechanowskiego synowi PiotrowiKrzysztof Chłapowski, Starostowie niegrodowi w Koronie 1565–1795 Materiały źródłowe, Warszawa, Bellerive-sur-Allier 2017, s. 292.. W 1597 i 1605 reprezentował szlachtę mazowiecką na sejmach.