Zasięg rodzaju był w przeszłości znacznie obszerniejszy niż współcześnie o czym świadczą skamieniałości cedrów pochodzące z miocenu i pliocenu z południowej Europy i Wyżyny Lessowej w Chinach, z oligocenu z zachodniego Kazachstanu, z wczesnego plejstocenu z masywu Ahaggar w środkowej Saharze. Zmiany klimatyczne, w tym postępujące pustynnienie, spowodowało odizolowanie trzech populacji, z których pierwsza odcięta została azjatycka, z której wyewoluował cedr himalajski Cedrus deodara zasiedlający współcześnie góry Hindukusz, Karakorum i Himalaje. Populacje obszarów górskich w otoczeniu Morza Śródziemnego uległy rozdzieleniu we wczesnym miocenie, ok. 18–23 milionów lat temu. Cedr atlaski C. atlantica występuje w Maroku w Atlasie Średnim i Rif oraz w Algierii w Atlasie Tellskim. Cedr libański C. libani rośnie w górach otaczających wschodnią część Morza Śródziemnego od Libanu poprzez Syrię i góry południowej części Azji Mniejszej sięgając po okolice miasta Muğla na zachodzie. Izolowana populacja występuje w północnej Turcji na północ od Erbaa. Na wyspie Cypr w górach Trodos występuje izolowana odmiana cedru libańskiego – C. libani var. brevifolia, tradycyjnie często wyodrębniana w randze gatunku jako cedr cypryjski C. brevifolia. Cedr cypryjski oddzielił się od kontynentalnej populacji ok.