Odkrycie Zuniceratops został odkryty w 1996 r. przez Christophera Jamesa Wolfe'a - ośmioletniego syna paleontologa Douglas G. Wolfe w formacji Moreno Hills w Nowym Meksyku. Znane są szczątki kilku osobników tego rodzaju wliczając w to części czaszki oraz pozaczaszkowe elementy jak kręgi ogonowe, kości kończyn przednich i tylnych, kości miednicy. Opisany w 1998 przez Kirklanda i Wolfe'a.
Klasyfikacja Zuniceratops reprezentuje pośredni etap w ewolucji ceratopsów między prymitywnymi ceratopsami jak protoceratops, a dużymi północnoamerykańskimi przedstawicielami Ceratopsidae. Jest on dowodem, na północnoamerykańskie pochodzenie ceratopsów. Pierwsze odkryte skamieliny zuniceratopsa miały zęby z pojedynczemi korzonkami (nietypowe dla ceratopsów), ale później znalezione zęby zuniceratopsa miały już dwa korzonki jak u innych ceratopsów. Dowodzi to, że zęby ceratopsów stawały się dwukorzonkowe z wiekiem. Zuniceratops był najprawdopodobniej towarzyskim, zwierzęciem stadnym. W 1997 Douglas G. Wolfe użył nazwy Zuniceratops christopheri w piśmie ,,Geotimes", jednak do czasu publikacji opisu miała ona status nomen nudum - czyli ,,nazwy gołej" bez formalnego opisu.