W okresie 1950–1983 kierował także Pracownią Biochemii, a później Zakładem Fizjologii Zwierząt w Instytucie Zootechniki. Przez kilka kadencji był zastępcą przewodniczącego Rady Naukowej Instytutu oraz przewodniczącym jej Komisji Kwalifikacyjnej. Przyczynił się do rozwoju i doskonalenia krajowej populacji bydła mlecznego.
Działalność naukowa Głównym kierunkiem jego badań były zagadnienia wydzielania wewnętrznego u zwierząt użytkowych, a w szczególności fizjologia laktacji. Zajmował się także oddziaływaniem środowiska na mechanizmy warunkujące procesy życiowe i wpływem układu endokrynnego na rozród zwierząt. Prowadził prace nad dysfunkcją hormonalną tarczycy, nad zawartością jodu w wodzie i w mleku krów, a także nad potrzebą suplementacji paszowej jodu w różnych regionach Polski. Jego prace były przedstawiane na dziesięciu światowych kongresach fizjologii ogólnej.
thumb|240px|Zygmunt Ewy (z prawej) w czasie jubileuszu 80-lecia urodzin w auli Polskiej Akademii Umiejętności w Krakowie i Krzysztof Cena, jeden z jego uczniów, 11 czerwca 1993 W 1969 przyjęty został w poczet członków korespondentów Polskiej Akademii Nauk, w 1976 został jej członkiem zwyczajnym.