Wiosną 2008, po odejściu trenera Lavolpe z Vélezu, Méndez powrócił do ojczyzny, gdzie podpisał umowę ze swoim byłym klubem, Deportivo Toluca. Szybko wywalczył sobie miejsce w wyjściowej jedenastce. W rozgrywkach Apertura 2008 zdobył z Tolucą drugi tytuł mistrzowski. W lipcu 2009 Méndez na zasadzie rocznego wypożyczenia zasilił swój był zespół, Club Atlas. Kwota transferu wyniosła milion euro. Rozegrał wówczas w jego barwach 26 meczów w lidze meksykańskiej. Latem 2011 zawodnik został ponownie wypożyczony przez Tolucę, tym razem do drugoligowego Irapuato.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1998/99 Club Atlas
Primera División 29 1 1999/00 Club Atlas
Primera División 39 1 2000/01 Club Atlas
Primera División 40 3 2001/02 Club Atlas
Primera División 32 2 2002/03 Club Atlas
Primera División 36 4 2003/04 Club Atlas
Primera División 19 0 2003/04 Deportivo Toluca
Primera División 22 1 2004/05 Deportivo Toluca
Primera División 35 0 2005/06 Deportivo Toluca
Primera División 14 1 2005/06 CF Monterrey
Primera División 10 0 2006/07 Tigres UANL
Primera División 15 0 2006/07 CA Vélez Sársfield
Primera División 17 0 2007/08 CA Vélez Sársfield
Primera División 12 0 2007/08 Deportivo Toluca
Primera División 18 2 2008/09 Deportivo Toluca