Pod koniec XVII w. (w 1699 rt.) we wsi było 5 łanów (włók) na prawie chełmińskim, na których gospodarowali wolni: Daniel Kołakowski i Jan Rogala. Ponadto we wsi było dwóch zagrodników: Andrzej Kołakowski i Piotr Mazucha. Po 1772 r. we wsi gospodarzyli Kazimierz Daniel i Walenty Piecyk. W 1785 r. Kołpaki były wsią chełmińską z pięcioma domami. W 1820 r. określane były jako majątek chełmiński (co wskazuje, że cały obszar należał do jednego właściciela). W tym czasie we wsi było 5 domów z 29 mieszkańcami. Majątek obejmował 485 ha oraz cegielnię. W 1876 r. właścicielem Kołpaków był Jan Erdmann z żoną Marią (z domu Gruszkiewicz).
W Kołpakach była także cegielnia. W latach 1922–1932 właścicielem majątku ziemskiego, obejmującego 133 ha ziemi, był Hans Lietke (mieszkał pod Morągiem, a w Kołpakach miał swojego zarządcę). W 1928 r. Kołpaki włączono do gminy Linowo.
Po 1945 r. osada wyludniła się a teren przejęły Lasy Państwowe. Obecnie wieś jest wyludniona i w dużej mierze zapomniana przez współczesnych.
Przypisy