Do składu pierwszego zespołu pierwszy raz włączony został 18 października 2003 roku na ligowy mecz z AS Monaco, jednak w spotkaniu tym nie wystąpił. Sagna znalazł się w kadrze pierwszej drużyny na sezon 2004/2005.
Auxerre W Ligue 1 Sagna zadebiutował 11 września 2004 roku w przegranym 0:1 spotkaniu z SC Bastia. Debiutancki sezon zakończył z 26 ligowymi występami, a jego drużyna zajęła 8. miejsce w lidze i zdobył Puchar Francji, dzięki czemu awansował do Pucharu UEFA. W sezonie 2004/2005 francuski klub również uczestniczył w tych rozgrywkach, dotarł do ćwierćfinału, a Sagna wystąpił we wszystkich 10 meczach. W lipcu 2005 roku Auxerre przegrało 1:4 w finale Superpucharu Francji z Olympique'em Lyon.
W następnym sezonie Sagna wystąpił w 23 spotkaniach Ligue 1 i wraz z klubem zajął 6. miejsce w lidze. Francuska drużyna nie przeszła jednak pierwszej rundy Pucharu UEFA, przegrywając w niej z Lewskim Sofia; Sagna zagrał wtedy w jednym z dwóch pojedynków.