Z tego powodu rzadko bywał w swojej parafii, a najczęściej przebywał na dworze księcia lub z książęcego rozkazu podróżował po Polsce, na przykład w sierpniu i wrześniu 1555 brał udział w synodzie w Koźminku, gdzie przedstawiciele luteranizmu, kalwinizmu i unitarianizmu bronili swoich doktryn.
W 1558 znowu zaczął pracować jako nauczyciel (tzw. ludi literarii Lyccensis moderator) w Ełku oraz współpracował z ojcem w drukarni. W tym samym roku otrzymał od parafii w Ełku, Ostrymkole i Liskach sumę 40 marek na sfinansowanie druku polskiego ewangelickiego katechizmu (pro edendis catechismis polonicis).
Papier potrzebny dla tego dzieła zakupiono w Gdańsku, a Malecki po wydrukowaniu 500 egzemplarzy z narażeniem życia zawiózł je do Poznania. Tam nie mógł tych książek sprzedać jako „heretyckich” i musiał je podarować miejscowym ewangelikom. Po powrocie na Mazury prosił księcia Albrechta o zwrócenie parafiom 40 marek, co książę uczynił.
thumb|Tablica na ścianie Zespołu Szkół Mechaniczno-Elektrycznych w Ełku upamiętniająca szkołę założoną przez Hieronima Maleckiego W latach 1565–67 Hieronim był pomocnikiem pastora, jego ojca Jana, w Ełku.