Za swoją działalność otrzymał szereg wyróżnień, m.in. Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski, Medal „Gloria Artis”, Nagrodę Ministra Edukacji Narodowej I stopnia, Nagrodę i medal im. Zygmunta Glogera, Ogólnopolską Nagrodę I stopnia im. Aleksandra Patkowskiego, Nagrodę Marszałka Województwa Mazowieckiego (2000). Stanisław Pajka był również dwukrotnym laureatem nagrody „Kurpiki” w kategorii Nauka i pióro (2001 i 2010). Nagroda ta przyznawana jest corocznie przez prezesa Związku Kurpiów „za ochronę dziedzictwa kulturowego, budzenie tożsamości i działanie na rzecz wszechstronnego rozwoju Kurpiowszczyzny”. Stanisław Pajka został również uhonorowany tytułem Honorowego Obywatela Gminy Kadzidło oraz wyróżniony nagrodą Kurpiowskiego Nepomuka.
Wybrane publikacje Uczeń na prowincji, Warszawa 1984; Koleinami życia Henryka Syski, Ostrołęka 1985; Z dziejów Liceum Pedagogicznego w Ostrołęce, Ostrołęka 1986; Nauczyciele województwa ostrołęckiego w latach wojny i okupacji 1939–1945, Ostrołęka 1989; Losy tułacze mieszkańców województwa ostrołęckiego 1939-1956, Ostrołęka 1993 (razem z B. Gołębiowskim); Współcześni badacze i popularyzatorzy Kurpiowszczyzny, Ostrołęka 1993; Zofia Niedziałkowska 1904–1991. Pedagog, historyk, regionalista; Związek Kurpiów 1996–2000. Z kroniki wydarzeń; Losy Kurpiów.