Z uwagi na spadek terenu, wejście poprzedzone schodami znajduje się z boku od zachodu, natomiast po stronie wschodniej w przyziemu usytuowano pomieszczenie mieszkalne.
Podczas działań wojennych w 1945 r. kościół został uszkodzony. Opuszczony budynek w 1946 r. przejęła polska parafia ewangelicko-augsburska, zorganizowana w roku 1931 i do 1939 korzystająca wraz z parafią ewangelicko-unijną z dużego kościoła przy ul. Mickiewicza. Dzięki staraniom parafian, a szczególnie inż. Artura Damica, już 3 listopada mogło się odbyć poświęcenie kościoła św. Jana. W 1947 r. zbudowano ogrodzenie, a do 1948 r. kompletowano wyposażenie z innych świątyń poewangelickich. Wewnątrz znajduje się neogotycki ołtarz z obrazem z 1936 przedstawiającym Powołanie pierwszych uczniów Chrystusa (Łk 5, 1-11), neogotycka jest również ambona, chrzcielnica i prospekt organowy.
Obok kościoła ustawiono figurę Chrystusa, nawiązującą do rzeźby Bertela Thorvaldsena. W latach 2001–2002 przeprowadzono generalny remont świątyni.