Po II wojnie światowej budynek służył jako magazyn, a od 1960 zamieniono go na archiwum powiatowe. W 1994 synagogę zwrócono żydowskiej gminie Ołomuniec. Archiwum przeniesiono do miejscowości Bruntál, a synagoga opustoszała. Powódź w 1997 uszkodziła archiwalia i samą budowlę. Od 2003 synagoga jest administrowana przez stowarzyszenie zarządzające (), które wykorzystuje ją m.in. na salę wystawową, koncertową i konferencyjną. We wrześniu tegoż roku odbył się w niej koncert pieśni żydowskich, a miesiąc później pokaz tańców żydowskich. W 2005 zakończyła się odbudowa wieży. Zostały w niej znalezione dokumenty z czasów jej budowy. W maju 2016 koncertem grupy „Shirim Ashiri” z Pragi rozpoczął się w niej Festiwal Muzyki Sakralnej Krnov 2016. W 80. rocznicę ocalenia synagogi gościł w niej ambasador Izraela w Czechach Daniel Meron. Stowarzyszenie administrujące synagogą współpracuje z organizacją Beit Kraków oraz jej rabinem Tanją Segal, która prowadziła w synagodze Kabalat Szabat, Szacharit i studiowanie Tory.

W niektóre dni odbywają się w niej nabożeństwa oraz czytanie Tory. Ponadto organizowane są okolicznościowe wystawy. Po wcześniejszym zgłoszeniu u zarządzającego synagogą istnieje możliwość jej zwiedzenia.

Architektura