Nieprzerwanie od roku 1997 jest członkiem Rady Centrum Misji i Ewangelizacji Kościoła.
14 kwietnia 2007 został wybrany na prezesa Synodu podczas pierwszej sesji XII Synodu Kościoła w Wiśle.
17 października 2009 roku w czasie obrad szóstej sesji XII Synodu Kościoła wybrano ks. Jerzego Samca Zwierzchnikiem Kościoła. Otrzymał on 38 głosów spośród 63 oddanych. Po tym wyborze zrezygnował z funkcji prezesa Synodu. Jego następcą został wybrany ks. Waldemar Pytel. Wybór na Biskupa Kościoła wiązał się z rezygnacją z funkcji proboszcza w Gliwicach oraz przeprowadzką do Warszawy.
Uroczystość konsekracji odbyła się 6 stycznia 2010 roku w Kościele Świętej Trójcy w Warszawie. Konsekracji dokonał bp Janusz Jagucki, bp , zwierzchnik Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego Słowacji, oraz bp , zwierzchnik Pomorskiego Kościoła Ewangelickiego. W uroczystości wzięli udział przedstawiciele kościołów ewangelickich z Niemiec, Czech, Słowacji, Szwecji, Ukrainy, Rosji oraz Wielkiej Brytanii.
We wrześniu 2011 roku bp Jerzy Samiec został wybrany na pięcioletnią kadencję wiceprezesem Zarządu Polskiej Rady Ekumenicznej. Jest członkiem Komisji Wspólnej Przedstawicieli Rządu RP i Polskiej Rady Ekumenicznej.