Po spadku Nürnberg do drugiej ligi Jarolím został we wrześniu 2003 sprzedany do Hamburger SV, który zapłacił za niego 800 tysięcy euro. W HSV zadebiutował 13 września w przegranym 0:1 meczu z Bayerem 04 Leverkusen. Od czasu przejścia do drużyny z Hamburga gra w pierwszym składzie. W 2004 i 2005 roku zajął z HSV 8. miejsce, a w 2006 zajął 3. pozycję. W sezonie 2006/2007 wystąpił ze swoim zespołem w grupowych rozgrywkach Ligi Mistrzów, a w lidze zakończył sezon zajmując 7. lokatę. W 2008 roku uplasował się z klubem na czwartej pozycji w Bundeslidze.
30 sierpnia 2012 roku David Jarolím podpisał kontrakt z Evian TG. 20 listopada 2012 roku kończy się kontrakt z Evian TG.
14 stycznia 2013 roku David Jarolím podpisał kontrakt z FK Mladá Boleslav.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki Rozgrywki Europy Mecze Bramki 1995/96 Slavia Praga Gambrinus liga 11 1 – – – 1996/97 Slavia Praga Gambrinus liga 1 0 – – – 1996/97 Bayern Monachium B Regionalliga 1 0 – – – 1997/98 Bayern Monachium B Regionalliga 14 0 – – – 1998/99 Bayern Monachium Bundesliga 1 0 Liga Mistrzów UEFA 0 0 1998/99 Bayern Monachium B Regionalliga 20 2 – – – 1999/00 Bayern Monachium B Regionalliga 28 10 – – – 1999/00 Bayern Monachium Bundesliga 0 0 Liga Mistrzów UEFA 1 0 2000/01 1. FC Nürnberg 2. Fußball-Bundesliga 9 1 – – – 2001/02 1.