Powstałe między tymi cząsteczkami, kwasolabilne wiązanie ketozydowe ulega rozerwaniu podczas łagodnej hydrolizy, umożliwiając łatwą separację części polisacharydowej LPS od lipidu A. Reszty Kdo są zazwyczaj podstawiane przez kolejne reszty Kdo oraz heptozy (najczęściej L,D-Hep), które dodatkowo przyłączają ujemnie naładowane grupy fosforanowe.
Te wszystkie składniki, stanowiące konserwatywny strukturalnie komponent LPS bakterii Gram-ujemnych [przynajmniej jedna cząsteczka kwasu oktulozonowego lub jego pochodnej (8-amino-Kdo, D-glicero-D-talooktulozonowego(Ko)), są obecne w endotoksynach bakterii Gram-ujemnych] mogą występować w LPS sinic w bardzo niewielkich ilościach lub są całkowicie nieobecne. Region IV: lipid A mimo pewnej zmienności, jest najbardziej konserwatywną częścią LPS, kotwiczącą tę cząsteczkę w błonie zewnętrznej ściany komórkowej. Unikatowa struktura tego fragmentu odzwierciedla jego specyficzną rolę w aktywności biologicznej cząsteczki LPS, stąd nazywany jest on centrum toksyczności. Szkielet cukrowy tej części endotoksyny zazwyczaj tworzą dwie cząsteczki glukozaminy połączone wiązaniem β(1→6) glikozydowym.