Z UW odszedł w 2004. W wyborach samorządowych w 2006 miał wystartować jako kandydat Platformy Obywatelskiej na stanowisko prezydenta Krakowa. Zrezygnował w związku z wydaniem przez sąd okręgowy wyroku skazującego go za przekroczenie uprawnień i nieterminowe opłacanie składek ubezpieczeniowych (oba czyny miały zostać popełnione w pierwszej połowie lat 90.). W 2007 sąd apelacyjny uwzględnił w znacznej mierze złożoną apelację, zmienił zaskarżony wyrok w ten sposób, że uniewinnił Stanisława Kracika od popełnienia pierwszego z wyżej wskazanych czynów, a w przypadku drugiego uznał, iż występek ten został popełniony nieumyślnie.
W październiku 2009 złożył dymisję ze stanowiska burmistrza. W tym samym miesiącu objął urząd wojewody małopolskiego. W 2010 był kandydatem PO na prezydenta Krakowa, przegrał w drugiej turze z Jackiem Majchrowskim. W 2011 został członkiem Platformy Obywatelskiej. Bez powodzenia w tym samym roku kandydował z jej ramienia do Senatu, przegrywając z Maciejem Klimą. 12 grudnia 2011 został odwołany ze stanowiska wojewody małopolskiego. W 2012 został prezesem zarządu spółki Małopolskie Parki Przemysłowe oraz dyrektorem Szpitala Klinicznego im. dr. Józefa Babińskiego w Krakowie, którym kierował do 2021.