Lecząc Hitlera, wykorzystywał ponad 60 substancji działających doraźnie i powodujących natychmiastowe uśmierzenie dolegliwości – głównie wlewki, sztuczne multiwitaminy, kolonie nieznanych bakterii, rzekome antybiotyki, hormony, narkotyki i trucizny (strychnina). Skutecznie odpierał ataki innych lekarzy, takich jak Karl Brandt czy Erwin Giesing, zarzucających mu działanie na szkodę pacjenta i utrzymał swą pozycję niemal do końca II wojny światowej. 22 kwietnia 1945 roku Hitler w obliczu zbliżającego się samobójstwa odprawił Morella ze swojego bunkra.
Śmierć Po opuszczeniu Berlina na krótko zamieszkał w Berghofie. 18 maja 1945 roku był przesłuchiwany przez aliantów w szpitalu w Bad Reichenhall, a 17 lipca 1945 został aresztowany na dworcu kolejowym w Monachium.
Przez następne trzy lata znajdował się w stanie stale pogarszającej się poczytalności, rozpadu osobowości i ciężkiej arteriosklerozy w różnych obozach internowania, m.in. na terenie byłego obozu koncentracyjnego w Dachau. Zwolniono go 30 czerwca 1947 roku i przewieziono do szpitala w Tegernsee. Przebywał tutaj, bez kontaktu z żoną, w ubóstwie i samotności.